bogamp.hatenablog.com
前記事の方法でファイルを暗号化したとしても、暗号化する前のファイルは残っています。
元ファイルを消したいなら自分で消すことになりますが、単に消去するだけだと、ディスクからデータは消えません。
（ファイルリカバリ - ArchWikiこのあたりに載っている方法で復元される可能性あり。）
Linuxなら、coreutilsに入っている（つまり普通のLinux系OSなら最初から入っている）shredコマンドで、ファイルの完全消去ができます。
shred -uvz （ファイル名）
shredは、乱数データを何度も上書きすることで復元を難しくするコマンド。shredコマンドはデバイス全体のデータ消去によく使われますが、ファイル単体の消去もできるようです。Windowsの場合…WSLを使えば同じことができるかもしれません。
ただ、HDDではなくSSDを使っている場合、上記のshredだと消せない可能性があるとか？このあたりは難しくてよくわかってないです…